公司以这理由不让我离职和发放工资是否合理 本人从事食品快消品业务在某公司试用期内提前3天提出辞职.
在三天的交接工作内顺利完成.《离职交接清单》上各部门已经签名,最后只差公司总监签字

由于最后一天总监不在公司,《离职交接清单》交给行政同事,等总监回来再签名.
然后我就离开公司到了外地.

两个星期后.我发现上月工资并没有打到我的工资卡上.
打电话回公司询问.对方说 我的工作交接没有完成.《离职交接清单》给当时部门主管拿了并弄不见了.理由有两点
1.在我离职后有门店打了退货单.公司收不到货款.要求我赔偿.(本人并不知情,怀疑是主管把烂账划给我了)
2.在职期间因为某门店食品过期货物太多,公司暂不能退换,当时我知会了主管,以公司的名义写了一张欠条"XX公司欠XX门店XX过期货,日后补还"并在上面签了名字.现在主管要求我赔偿这批货物.理由是公司不允许退换过期货并不允许员工写欠条.但是其他业务员也有这样的操作,主管也知道情况.

现在主管要求我赔偿这两笔费用.不然不给我完成离职同时不发放离职

请问公司的做法是否合理.我应该如何去处理这问题 
假如申请劳动仲裁需要准备什么证据和资料
还有主管不认弄丢了我的离职清单和不承认知道欠条怎么办
谢谢了