农村宅基地确权和土地确权一样，关系到广大农民朋友的切身利益，确权的意思就是归谁，也就是说这块土地归谁所有的意思。农村宅基地确权，意在给农民的利益上一层保障，但在实际操作中，由于家庭成员户口变动以及成员减少等因素的干扰，将导致一部分人在宅基地确权的时候可能会失去原本的房屋所有权。一.农民在农田上建房，而未经城建规划局的许可的属于违章建筑。
二.空闲或房屋坍塌、拆除两年以上未恢复使用的。
三.家庭成员又组建了新的家庭，另申请了别的宅基地。
四.除继承和分居立户外，农户一户宅基地超过一处以上的。
五.申请宅基地建房的时候没有登记的家庭成员。
六.将户口迁走的人，已经不是本村的成员。
七.因拆迁或原住宅依法被征收，已依法进行统一安置或补偿的。
八.村集体以外的人员（如城镇居民）购买的本村宅基地或建房，在确权时，合同当属无效。
在这里要特别注意的是，我国禁止宅基地使用权的流转，尽管农村村民对宅基地上的房屋享有所有权并可自由处分，但因宅基地使用权是一种带有社会福利性质的权利，城镇居民不得享有。如果村民将其房屋转让给非本集体经济组织的成员或者城镇居民，法院在判决城镇居民购买农民的宅基地房屋纠纷时，一般认定该买卖行为无效。
宅基地确权登记几个难点解析
以宅基地原始台账为权源的变更登记。如果台账载明的土地使用权人夫妇已死亡，未办理初始登记，其子女以“继承”
为由申请确权登记，应根据子女是否符合宅基地申请条件分类处理。一是符合申请条件的，依据台账及相关部门的佐证材料、经司法见证的家庭协产协议书以及基层所(分局)出具的情况调查报告，给予直接确权登记，并在土地登记卡和宅基地使用权证书上注明“继承取得”字样;二是继承取得，按照国土资发〔2008〕
146号通知规定进行登记，同时要在土地登记卡和宅基地使用权证书记事栏中注明“继承取得，不得私自转让和改、扩建”字样。
——宅基地台账载明的土地使用权人已死亡，配偶健在，其子女要求确权登记的。先将该宅基地使用权依规登记到原使用权人配偶名下，然后按程序进行变更登记。
——申请人因历史原因形成事实上的“一户双宅”(一般为一处是由父母申请，由其子女婚后居住，另一处由父母单独拥有的宅基地)。由基层国土所(分局)实地进行调查，确认两处宅基地均为合法取得并使用的，一处直接登记至父母名下，另一处按程序依审批文件登记给子女，或先登记给父母并在土地证记事栏中标明“仅用于变更登记”。
——原使用权人夫妇已死亡，生前或经法定继承人同意转让给符合购房条件的集体经济组织成员，受让人要求确权登记的。以原使用权人的台账为权源，进行流转预审，预审通过后，进行变更登记。
——申请人台账载明的建筑物于1989年以后进行了拆建，没有办理用地审批手续或虽办理了用地审批手续，但实际用地面积已超出台账面积或审批面积，现申请人要求对该宅基地使用权进行登记。根据建房户的实际情况，原则上能拆除的予以拆除复耕。对大于所在村宅基地标准范围之外的面积，不能或无法拆除的，采取先纳入“笼子”的办法，可由土地所有者(村民委员会)根据同地、同权、同价的原则，参照邻近地段住宅用地的年租金或有偿使用费标准，收取“宅基地超占费”，直至其退出超占部分为止，同时对合法部分进行登记，超占用地面积必须在登记卡和使用权证书记事栏中载明。私自改变用途的，应视违法用地处置，不予登记。
——城市规划控制区内，申请人凭规建局批准的《建筑工程规划许可证》对原房进行了拆翻建，没有办理国土部门的用地审批手续，现申请人申请对该宅基地使用权进行登记。规划控制区内宅基地的确权登记，往往涉及拆迁安置、经济利益分配等诸多复杂矛盾，根据《城乡规划法》的规定，《建筑工程规划许可证》的发放应在用地许可之后，程序倒置涉及法律问题。因此，对于这类用地补办，以及确权登记必须慎重处理，原则上不予登记。