目前本市基本医疗保险使用的是国家及江苏省基本医疗保险药品目录和南京市基本医疗保险医院制剂目录。 国家及江苏省基本医疗保险药品目录中的西药和中成药分为“甲类目录”和“乙类目录”。

      “甲类目录”的药品是定点医疗机构应当提供的药品，主要是临床治疗必需，使用广泛，疗效好，同类药品中价格低的药品。

      “乙类目录”的药品，主要是可供临床治疗选择使用，疗效好，同类药品中比“甲类目录”药品价格略高的药品。

       南京市基本医疗保险医院制剂目录是对国家和江苏省基本医疗保险药品目录的补充，该目录也分为“甲类目录” 和“乙类目录”，是临床治疗必需，疗效较好，价格较低的治疗性医院制剂，仅限于定点医疗机构使用。 参保人员使用“甲类目录”药品（含零自付“乙类目录”药品）所发生的医疗费用，按基本医疗保险规定支付。使用“乙类目录”的药品发的医疗费用，一般先由个人自行承担10%的费用，余下部分按基本医疗保险规定支付。

       除上述两类药品以外的其他药品均为自费药品，不纳入基本医疗保险给付范围。 医院在给药上也有规定，一般一次处方量按照急性病3天量、慢性病7天量，最长不超过4周，中草药剂配药。