国家有关部委发布了一整套规章对于政策性债转股的实施予以了明确规范，因此，对于政策性债转股程序已相当明确和规范。下文主要讨论商业性债转股实施程序问题。
由于目前可以实施的商业性债转股仅限于债权对目标公司债权的转股，债权出资应仅发生于目标公司增资扩股阶段，而不适用于目标公司发起设立阶段，因此，商业性债转股的实施程序应遵守《公司法》有关公司增资扩股相关程序规定。
商业性债转股程序一般包括以下步骤：
一是目标公司召开股东会对增资扩股事项进行表决
二是债权人与目标公司达成债转股协议
三是对债权进行作价评估
四是确定债权转股的转换比例
五是对股权作价出资进行验资
六是办理公司注册资本和股东结构变更工商登记