行政程序证据被行政机关用来在行政程序中证明待证事实，行政诉讼证据被法院用来在行政诉讼中证明案件事实，这两者之间既有联系又有区别。


它们的联系主要在于：


(1)行政程序证据是潜在的行政诉讼证据。如果行政相对人对具体行政行为提起诉讼，行政程序证据随之进入行政诉讼程序，成为行政诉讼证据的重要组成部分。


(2)行政程序证据是行政诉讼的复审对象。由于行政审判的事实认定以行政程序中收集的证据为基础，对其在获取和处理证据及得出事实结论上是否符合法律要求进行审查。这样，行政程序证据就成为行政诉讼的复审对象。


(3)行政程序证据与行政诉讼证据具有延续关系。在行政诉讼中，应对行政程序中的证据活动给予应有的尊重，如：行政相对人未依法律规定向行政机关提供他所要求的证据，却在行政诉讼中向法院提出，法院往往会否定这些证据的效力。


当然，行政程序证据与行政诉讼证据之间也存在较大区别，主要在于：


(1)它们是存在于不同法律程序中的证据。行政程序与行政诉讼程序是不同的法律程序，行政程序证据与行政诉讼证据则是不同法律程序中的证据，两者在诸多方面存在着差异。


(2)它们在基本理念和制度设计上存在着差别。行政程序的类型多种多样，不同的行政程序对证据的要求并不一样，如：在行政处罚中，行政机关主要依靠职权获取证据，行政相对人不必积极提供证据；在行政注册登记中，申请人需依法提供证据证明其申请合法，行政机关则依法对其申请进行审查。而在行政诉讼程序中，法官居中裁判，证据主要由当事人提供，法庭只在特殊情况下调取证据。综上所述，行政程序证据与行政诉讼证据并非截然对立亦非浑然一体，在行政审判实践中应注意处理好两者之间的关系。