依据国家赔偿法的有关规定，确认程序是国家赔偿诉讼程序的前置程序。只有经过依法确认的案件，才能进入国家赔偿诉讼程序。如果忽略确认审查程序，可能会使尚未经过依法确认的案件直接进入国家赔偿诉讼程序，造成程序违法。
一、确认审查程序是指国家机关及其工作人员，对其职务行为是否具有违法性并对职务行为相对人合法权益造成侵害进行定性的程序，这是最终进入国家赔偿程序的前提条件
确认审查程序有赔偿义务机关或其上级机关自认和追认两种方式。所谓自认是指赔偿义务机关或其上级机关依受害人申请，对本机关工作人员是否具有违法行使职权行为自行进行内部审查并予以定性的过程；所谓追认是指对赔偿义务机关对其工作人员职务行为性质的认定非由受害人申请引发，而是依照法定程序后一机关作出的有效法律文书，既是对前一机关的行为是否违法作出追认的活动，同时也标志对赔偿义务机关所为的行为作出认定的过程。如，检察机关对公安机关作出的不予批捕决定书，即是对公安机关刑事拘留行为错误的定性；审判机关对检察机关提起的公诉作出无罪判决，即是对检察机关错误逮捕行为性质的认定。至于如何进行具体的确认活动，相关法律已有规定，在此不作赘述。
确认文书是赔偿案件所涉事项已经确认的惟一标志，这里有必要对确认文书的表现形式予以阐述，使自行赔付阶段和赔偿审判阶段有据可依。具备确认特征的法律文书不是惟一的、机械的，而是具有多种表现形式，既包括释放证明、不批准逮捕决定书、不起诉决定书、宣告无罪的一审判决、终审判决、再审判决，也包括认定司法行为违法的裁定等。对司法侵权行为违法的确认应根据不同情况分别进行。
属于对刑事诉讼中侵权行为确认的是：１．错误拘留。即公民被拘留后，由于没有犯罪事实或者事实不清、证据不足，公安机关、安全机关等行使侦查权的机关发现不应当拘留，发给释放证明，或者由人民检察院作出不批准逮捕的决定后予以释放，释放证明和不批准逮捕的决定就是对错误拘留的确认。２．错误逮捕。即犯罪嫌疑人因没有犯罪事实或事实不清、证据不足，人民检察院作出的撤销逮捕决定、撤销案件决定，在起诉过程中作出的不起诉决定，是对错误逮捕的确认；人民法院作出的撤销逮捕的决定以及无罪判决，是对错误逮捕的确认。３．错误判决。即对于人民法院已经生效的判决，受害人按照审判监督程序进行申诉或者申请再审，再审改判当事人无罪，该无罪判决是对错误判决的确认。４．错捕错判共同赔偿。即一审判决有罪，二审改判无罪，该无罪判决即是对作出决定的人民检察院、作出有罪判决的人民法院构成错捕、错判的确认。５．对因刑讯逼供等暴力行为或违法使用武器、警械造成伤害或者死亡后果的行为的确认。在这种情况下，一般会首先确定国家工作人员的刑讯逼供等行为是否构成犯罪，如果经过刑事诉讼确定了其行为构成犯罪，则人民法院的刑事判决书当然是对这种行为违法的确认。如果刑讯逼供等行为尚不构成犯罪，其损害事实可由实施上述违法行为的工作人员所在的机关或其上级机关作出的处理决定文书予以确认；在受害人自诉的情况下，也可以由赔偿义务机关自行确认。这里需要注意的是“造成身体伤害或者死亡”的“造成”，应当理解为只要实施了法律规定的违法侵权行为，并产生了“伤害或者死亡”的后果，就应当适用国家赔偿法第十五条第（四）项的规定，并不强调要有直接的因果关系。５．司法机关侵犯财产权的确认。原判刑罚为罚金、没收属于受害人的合法财产，并且已经执行的，依照审判监督程序改判无罪，则该无罪判决是对这种侵犯财产权行为的确认。
属于在民事诉讼中违法采用对妨害诉讼的强制措施、保全措施或者对生效法律文书执行错误造成损害的确认是：根据有关法律及最高人民法院有关司法解释规定，对相关法律措施不服可以提出复议的，如果复议决定撤销或者变更了原裁定或决定，则原裁定或决定被确认为违法。
在刑事和民事司法赔偿中， 赔偿请求人要求赔偿义务机关确认其行为违法，赔偿义务机关不予确认的，赔偿请求人有权向有关国家机关申诉，经复查认定侵权事实存在的，应制作确认行为违法的法律文书，该法律文书即为确认文书。
二、自行赔付程序是指赔偿义务机关决定立案后，作出赔偿或不予赔偿的活动过程
自行赔付程序是案件能否进入国家赔偿诉讼的重要条件，该阶段不具有赔偿审判的属性。其原因在于：１．赔偿义务机关或复议机关自行裁决自己违法行为并作出赔偿决定或复议决定，有悖于回避制度的宗旨，同时也会弱化公众对裁决效力的公信度。２．所谓“审判”应是具有司法裁判权的机关对争议双方的纠纷依法裁决，且该裁决结果应与作出裁决的机关无任何利害关系。而赔偿义务机关自行作出的赔偿或不予赔偿决定的结果，都与其有密不可分的利害关系，因此，赔偿义务机关自行赔付过程不能视为法律意义上的审判。
自行赔付程序应当采取下列步骤：（１）对诉讼时效的审查。审查该赔偿请求是否符合国家赔偿法以及最高人民法院司法解释有关诉讼时效的规定。（２）对赔偿申请书的审查。包括对赔偿申请书的内容、形式（书面或口头）的审查。（３）依法作出赔偿或不予赔偿决定的处理过程。（４）公安、检察、监狱管理机关为赔偿义务机关的，其上一级机关作出复议决定的活动过程。
由于赔偿义务机关或复议机关作出的决定，均不属于作为审判机关作出的裁决，故应放在自行赔付程序。人民法院作为赔偿义务机关的，在经过自行赔付程序后，赔偿请求人可直接向其上一级人民法院申请作出赔偿决定。在此程序中，赔偿义务机关或复议机关在收到赔偿请求人的赔偿申请后，就管辖问题应及时予以审查，并根据国家赔偿法和最高人民法院司法解释以及管辖的有关规定，分别不同情况作出受理或不予受理的决定。
为进一步提高审判效率，降低诉讼成本，建议取消国家赔偿法关于赔偿义务机关和复议机关逾期不作赔偿决定的规定。在自行赔付程序中，赔偿义务机关和复议机关应依法作出赔偿或不予赔偿的决定，不能逾期不作赔偿决定。
赔偿义务机关或复议机关决定受理赔偿申请后，赔偿请求人可以撤回赔偿请求。赔偿请求人要求撤回赔偿请求，必须提出书面申请，经赔偿义务机关或复议机关审查后，与赔偿请求人达成放弃赔偿请求权的书面协议。否则，赔偿请求人在撤回赔偿请求之后，可以再一次提出赔偿请求，赔偿义务机关应当受理。
赔偿义务机关或复议机关作出自行赔付决定后，赔偿请求人应于收到决定之日起一个月内向有管辖权的人民法院申请国家赔偿诉讼。
