国企见习期离职，公司要求赔偿违约金，并以此为由扣留档案合理吗？ 我11年6月份大学毕业后与一家国企签了合同，之后便一直以见习生的身份在公司上班，合同期签了五年，见习期要求一年。
  后来因为对个人另有规划，加上对公司一些现状的不满，我在年前便萌生去意，之后与项目领导谈过话后便于今年2月份向机关人事部经理递了辞职报告（另有一份离职会谈记录表），但人事经理却说按照合同要求，要我赔偿一定数量的违约金才能给我开离职证明和交还档案，开始说要赔2万，后来松口说至少要赔3000。
  合同上确实注明了新员工在合同期未满的情况下辞职要交违约金，但是上面也写了每星期有一天的假期和公司会对新员工组织培训，这些我都没享受到啊！本人工作至今除了请假连国庆节都是照常上班，也没有加班工资，公司也从来没对我本人进行过专门的培训。
  公司目前已经扣发了我一个月的工资（大约2000元），并且说还要我再补交1000元才能领回自己的档案和离职证明。我在公司工作时一直是在尽自己最大努力做事，辞职也确实是因为考虑清楚才向公司申请，可公司现在一定要我按照合同赔钱，说这是公司的规定，为此我找了人事部经理求了几次情也没用，我真的很寒心。
  请问公司这样做合理么？我应该怎么办？