1、劳动合同期限一年以上不满三年的，试用期不得超过二个月，你们公司两年合同约定三个月试用期违法；
2、此员工在第三个月才要求解除劳动合同，此时根据法律规定，已经过了试用期；
3、只有在劳动者严重违反公司的规章制度情况下，公司才可以解除劳动合同；
4、根据你的叙述，公司应当按已经履行的超过法定试用期的期间向劳动者支付赔偿金之外还应当支付违法解除劳动合同的赔偿金

你们可以以此抗辩，但是，个人觉得法条的本义是要求赔偿一个月的转正后的工资作为赔偿金。如果你们有充足的证据证明其试用期不合格的话，不需支付赔偿金，否则，你们还需支付违法解除劳动合同的赔偿金。