律师解答：不一定，不同法官的判决方法不同。有的法官认为有加建就涉嫌违建，整个案件不处理，裁定驳回起诉。有的法官认为非加建的部分可以进行实体处理。所以有很大的运气成分。如下面这个案件，法官就认为证载面积内的部分是可以判决合同有效的。

判决书节选：
本院认为，本案主要存在以下争议焦点：
一、关于涉案《转让协议书》的效力。该协议是双方的真实意思表示，双方的争议点在于该协议是否违反法律、行政法规的强制性规定。双方确认转让时宅基地房屋为5层半，而该房屋相应宅基地使用证所载的层数为5层，超出证载范围外的房屋建设的合法性的认定和处理属于国家有关行政机关的职权范围，在该部分房屋建设的合法性、初始物权登记尚未经相关行政主管部门认定及处理前，对于该部分房屋所涉合同的效力进行认定处理缺乏相应前提，本院对此暂不作调处。双方关于转让证载的5层房屋的合同约定符合法律规定，应为有效合同。李买家与严卖家同属*村民，属于同一集体经济组织，严卖家以李买家与其不属于同一经济社为由主张上述协议无效于法无据，本院对此不予支持。至于李买家是否符合“一户一宅”要求、某联社是否同意双方转让涉案宅基地房屋，均属于行政管理性规定而非效力性规定，严卖家以此为由主张上述协议无效的抗辩意见本院亦不予支持。
综上所述，判决确认原告李买家与被告严卖家于2007年9月30日签订的《转让协议书》中所涉房屋与穗郊字第××号《农村（墟镇）宅基地使用证》所载一致部分（即座落于*巷2号之1第1生产队宅基地房屋，层数为5层，建筑面积258.5平方米）的转让协议约定合法有效。