行政机关作出不予行政许可决定，应当说明理由，并告知申请人享有的权利。说明理由作为行政程序的一项制度，具有以下重要功能。

　　一是说服功能。行政机关基于民主的要求，应将行政决定的理由明白、易懂、令人信服地向行政相对人说明，可以增强公众对政府的信任感，避免对立。

　　二是自律功能。对于行政许可机关而言，通过说明理由，可促使其事先充分考虑行政许可决定的事实根据和法律依据，在理由充分、推理严密的情况下形成自己的判断，慎重地作出决定，避免职业性的草率，防止行政专断，促进行政机关的自我监督，从而保证行政决定的正确性。

　　三是保护功能。行政机关作出行政决定，特别是对行政相对人作出不利处理后，要考虑到行政相对人可能会对行政决定不服。行政相对人只有通过行政机关了解其作出该决定的理由，才能认真考虑请求行政救济的可能性，确定是否提起和如何提起行政复议或者行政诉讼，从而增强对行政相对人权益的保护。

　　四是证明功能。对于行政复议的受理机关或者人民法院来说，通过行政决定的理由，可以了解行政机关作出该决定的动机和依据，便于对其进行审查。

　　五是引导作用。在行政许可决定中说明理由，还可以使行政机关在以后处理同类案件时有据可循，促成平等保护。公众也可以通过了解行政机关对特定事务在事实上和法律上的意见或态度，提高其预测的可能性，对公众的行为具有一定的引导的作用。