工厂因未完成订单而被合作方罚款,工厂因此克扣员工工资,是否合法
当然不合法,投诉或申请劳动争议仲裁维权
单位的做法是违法的,你可以向劳动监察部门投诉。
不合法,可以申请劳动仲裁,以此来解决你们之间的纠纷。