应该按照合同约定处理才对。

可以向劳动局投诉或者申请劳动仲裁

根据《劳动合同法》第二十二条规定，用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。
劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
你可以向当地劳动监察部门举报用人单位扣押你档案、社保的事实。向他们寻求帮助。
你与用人单位约定的违约金是否合法还不确定。

建议申请劳动争议仲裁。