第一条违约金不超过合同总金额规定显然太高，背离了最起码的公平性原则，实践中只要违约方有异议，是不可能被法院支持的，第二条在法律上是允许的，但最好直接确定出现何种违约的情形，违约方直接支付合同总金额5％的违约金，而不要写不超过，否则到时就具体数额肯定扯皮。

双方约定即可，没有明确规定。
不过如果违约金约定过高，明显高于对方的实际损失的，违约方可以请求法院降低违约金。过低的话同理。

双方可以约定，但是违约金可以以损失为依据进行修改。前者更合理。应该是卖方修改吧？具体合同的起草最好委托律师以避免纠纷。