转让协议是合法的，但是转让的结果未必是合法的，宅基地的转让必须符合规定，并且办理变更登记手续才受法律保护的，没有办理合法的土地变更登记法院判决有效，我想这法院有点过分了，你还应好好看一下如何判决的。