关于赔偿经济损失的问题咨询 你好，我是一家私人企业做行政的，具体情况如下:我公司物资部一库管员张某，因错发材料，导致公司内外损失总计四十多万，按照公司规定需要赔偿经济损失，公司根据实际情况，只要求张某赔偿内部损失两万的百分之五十中的百分之五十，即一万的百分之五十，约五千元金额，该员工工资为2100元，切该员工现在已经申请离职，请问我该怎样扣款才能合法合理。请教各位指点，有机会能与公司长期合作。
问题补充：
考虑到员工已经申请离职，是否可以一次性从工资扣除，如果工资在扣除后有结余，结余部分支付给张某，如果全部工资不够支付赔偿时，就以工资全额扣款。