一、两者范围的界定

股东知情权是股东正当行使监督权从而做出科学决策所需要考虑的首要问题。我国现行《公司法》中不仅规定了“股东对公司内部的各种会议记录、公司财务会计报告等相关经营信息股东享有知情的权利”，同时对有限责任公司股东的查阅会计账簿权利的资格性限制，明确规定了何种情况下公司享有拒绝股东查阅会计账簿的权利。
商业秘密多数涉及到公司生产和发展的核心，对于其保护范围的界定，一般适用TRIPS协议。自然人或法人有权防止他人在未经其同意的情况下，具有属于秘密、具有商业价值以及合法控制人采取合理的方法保持其秘密性的信息，以违反诚实商业行为的方式向他人披露，或被他人取得使用。

二、股东知情权与公司商业秘密保护的区别

分析股东知情权与公司商业秘密权之间冲突的原因，从法理的角度看，两者在应然法状态下，各司其职就不会发生彼此间的冲突，但在实然状态下，彼此的界限没有划分清晰，导致权利边界出现模糊与交叉，从而引发不同主体间的不同权利产生矛盾关系。在实际的生产经营活动中，存在股东通过行使知情权获取商业秘密，进行信息买卖谋取利益，使得这一权益与公司商业秘密保护存在冲突。为了更好的平衡二者间关系的前提是，分析理清总结股东知情权与商业秘密保护的界限，即两者间的区别。
从保护对象上看两者保护的权益不同，股东知情权的主要保护的是投资者的权益，区别于前者，商业秘密的保护对象是公司的合法权益。前者，强化股东对公司行为的监督。后者在立法上目的主要是防止公司的稀有资源不被非法获得。
从范围上看两者存在冲突，其中最重要的冲突表现在股东知情权利的资格与行使程序问题上。在实践活动中，股东、非股东以及竞争对手间的界限存在模糊性，存在一些股东而言除了拥有这一主体资格，还可能从事或持有竞业公司的股份。这样会出现数量众多、目的各异的股东都来行使知情权，增加公司商业秘密被泄露的风险程度，如果加大对其知情权的限制则又会使公司财务状况的出现监控失效。
在原则上两者存在较大区别，股东知情权所知悉的信息，原则上应为全部性、充分性以及公开性，而商业秘密保护原则上为对信息全面性、充分性以及公开性进行保护。情报分析技术不断迅速发展的信息化时代，一些微小信息的泄露，也对导致商业秘密被窃取，这导致公司对自身的信息控制程度不断加深，给公司的商业秘密保护带来

三、对于协调股东知情权与商业秘密保护的制度设计

在股东行使知情权与保护商业秘密方面，应侧重协调平衡，缓解两者冲突。通过对协调股东知情权与商业秘密保护的制度进行设计，从而保障实际经济生产活动的有序进行。
首先，应规范股东知情权行使的程序。对在理论和实践中是有争议的相关问题进行规范，应明确股东的知情权利是隐名股东还是未履行其实际存款义务的股东；股东可阅的相关文档内容的范围界限，股东在知情权行使中出现诉讼时关于举证责任的分配。其中，查阅的信息与商业秘密关联不大时，股东仅需证明其知情权遭到公司拒绝的责任，反之则股东应承担的更多的明责任。
其次，无救济则无权利，可引入禁令制度完善商业秘密救济制度。人民法院依据公司的申请，对股东的知情权采取不同程度和范围的“禁令”救济。公司提交申请时要有充分证据证明股东行使知情权可能会导致公司商业秘密流失、在不正当目以及会侵害商业秘密无法挽回。

另外，我国公司法也可在自行查阅的方式上引入检查人制度，在股东与其想获知的公司信息之间设立一个中立的缓冲地带。作为独立第三人的检查人，依据申请，对公司的业务和财务状况进行调查。制作的调查报告通过司法审查后公布给股东。这一制度不仅能完善股东知情权体系，满足了股东知情权行使，也从一定程度上降低了商业秘密泄露的风险。一定的困难。