一、侵犯商业秘密罪罪名设置的缺陷及完善
“罪名，即犯罪名称，是指包括一个完整犯罪构成的犯罪行为所形成的犯罪名称，是对具体犯罪本质或主要特征的高度概括。从罪名设置与刑罚的配置上来看，我国刑法是把侵犯商业秘密罪作为一个具体的罪名来规定的。在此罪名之下，将性质不同的行为、不同的主体以同一层次的危害性程度平行规定在一起，承担同一个刑种或刑罚幅度，这不利于体现罪责刑相适应原则，也难以达到分化瓦解犯罪分子、有效预防犯罪的目的，是非常不科学的。例如，某人仅仅窃取而未泄露、未使用与既不法获取又泄露又使用，其社会危害性当然是不一样的。同样，从行为主体来看，具有一定业务身份或者职务身份的人员比一般人员负有更大更重的信赖义务，他们无故违反信赖义务的行为除有碍企业间的公平竞争、损害权利人的利益外，还会在社会上造成坏的影响，危害到社会成员之间的信赖原则。
因此，从法律的科学性和规范性出发，应当将侵犯商业秘密罪作为一个类罪名，然后根据行为主体的不同、侵犯行为性质的不同进一步细化，规定具体的罪名。从我国和其他国家关于侵犯商业秘密罪的规定来看，侵犯行为主要包括泄露、窃取、刺探、侵占等手段。这样，刑法就可以在侵犯商业秘密罪之下，设立窃取商业秘密罪、泄露商业秘密罪、侵占商业秘密罪和以其他不正当手段获取商业秘密罪等罪名，同时规定相应幅度的法定刑，以利于司法操作。在此基础之上，更进一步的，是应该明确该类犯罪的主体。因为主体身份的不同，其实施侵犯行为的社会危害性也不同，在承担刑事责任时应有所不同，刑法规定应体现这一点，采取明示的立法方式，以区别具有特定身份、承担特定义务的人与一般人实施的侵害商业秘密的行为,这也是罪责刑相适应原则的要求与体现。
二、侵犯商业秘密罪客观行为方面规定的缺陷及完善
根据我国《刑法》第二百一十九条的规定，盗窃、利诱、胁迫或以其他不正当手段获取权利人的商业秘密是侵犯商业秘密的行为方式之一，那就意味着行为人对所获取的商业秘密不论其是否披露、使用或允许他人使用，其获取行为都将构成犯罪。对于这一规定，其存在的独立性值得商榷，应当予以取消。
首先，行为人以不正当手段获取商业秘密，一般都是为了进一步披露、使用或允许他人使用。事实上，在现实中尚未发现一个单纯的不正当获取的案例。假设这种情况确实存在，根据刑法的规定，构成侵犯商收秘密罪需“造成重大损失”，但仅仅通过不正当手段实施获取商业秘密的行为而没有进一步利用，通常不会发生现实的危害。例如某甲盗窃某乙的商业秘密后并未使用，也未披露或允许他人使用，而是将该商业秘密破坏。由于商业秘密本质上是一种信息，一般以寄于某种载体的形式存在。商业秘密权利人失去对商业秘密载体的占有并不丧失对商业秘密本身的持有，而某甲的行为也未造成商业秘密的秘密性的破坏和权利人优势竞争地位的丧失，某乙仍可通过使用、许可他人使用该商业秘密获得经济利益。由此可见甲的盗窃并毁损该商业秘密的载体的行为并不能产生重大损失的后果。对商业秘密的保护不但包括刑法上的保护，还包括民事的，行政的保护。对于单纯的不正当获取商业秘密的行为作为承担民事责任的行为类型是可行的，但是由于其后果与使用、披露等侵害行为的危害后果存在较大的距离，作为承担刑事责任的基础存在不当之处。
三、侵犯商业秘密罪定罪标准的缺陷及完善
现行刑法以给商业秘密权利人“造成重大损失”和“造成特别严重的后果”作为定罪和量刑的标准，但是，该标准规定不明确，因而这种定罪和量刑标准的模糊与罪刑法定原则发生了冲突。按照罪刑法定原则的法定性和明确性要求，对什么行为是犯罪、处以何种刑罚，必须在事前明确规定，如果法律对导致构成犯罪标准的规定不明确，则公民在实施一定行为时就不可能预测到自己的行为达到何种程度的社会危害性才会导致刑事上的责任。如果处罚这种公民未预知后果的行为，显然会妨害公民的行为自由。
四、侵犯商业秘密罪刑罚配置的缺陷及完善
在罪刑配置上，我国对于侵犯商业秘密罪的罪刑配置属于“厉而不严”的模式，即犯罪圈小而刑罚重。刑罚结构表现为以自由刑为主，辅之以罚金刑的刑罚种类，划分了轻重两个刑罚幅度，即“给商业秘密权利人造成重大损失的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金”和“造成特别严重后果的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金”。这一规定表现出我国现行《刑法》侵犯商业秘密罪刑罚配置的两点不足：
第一，刑罚种类少。我国对侵犯商业秘密罪的刑种包括自由刑（即拘役、有期徒刑）和罚金刑，缺乏必要的资格刑和剥夺财产刑。
第二，刑种顺序设置不合理，自由刑适用过多。在刑罚体系中，主刑、附加刑之分代表着国家对刑种所持基本态度，主刑是主要或基本的刑罚，附加刑是次要或辅助的刑罚。我国对侵犯商业秘密罪的量刑将罚金置于有期徒刑、拘役之后并规定可以并处或单处，即表明侵犯商业秘密罪的主刑是自由刑，罚金只是一种附加刑，而不是主要刑罚。
基于以上两点不足，我们应当逐步优化侵犯商业秘密罪的罪刑配置，建立适合侵犯商业秘密罪特点的法定刑体系。
首先，为适应不同的侵犯商业秘密行为，增加法定刑的量刑档次，以实现罪责刑相适应。
其次，将罚金作为法定刑的首选刑种，提高罚金刑在打击商业秘密侵权犯罪中的地位。同时，对侵犯商业秘密罪的罚金数额予以明确规定，增加在司法实践中的可操作性。
最后，设立资格刑，使犯罪人丧失再犯的条件。资格刑是剥夺犯罪人享有或行使一定权利资格的一种刑罚，在侵犯商业秘密的刑罚种类中增设如“剥夺从事一定职业的权利”的资格刑，以达到威慑和预防的作用。