一、一次性补发工资个人所得税是怎么扣税的?
根据有关规定,调资后补发以前数月的工资,可以分推到所属月份,与原来的月工资合并计算应缴个人所得税,扣除已缴纳的个人所得税,即为应该补缴的税款。
补发工资，应按照工资、薪金所得项目计征个人所得税。工资、薪金所得应纳的税款，按月计征，即，纳税人月初第一日至月末最后一日，取得的工资、薪金所得，减除费用三千五百元后，依法计征个人所得税。
依据：《中华人民共和国个人所得税法实施条例》(2011年7月19日 国务院令 第600号)第八条第一款“工资、薪金所得，是指个人因任职或者受雇而取得的工资、薪金、奖金、年终加薪、劳动分红、津贴、补贴以及与任职或者受雇有关的其他所得。”
《中华人民共和国个人所得税法》(2011年6月30日 主席令第48号)第六条第一款“工资、薪金所得，以每月收入额减除费用三千五百元后的余额，为应纳税所得额。”
第九条第二款“工资、薪金所得应纳的税款，按月计征，由扣缴义务人或者纳税义务人在次月十五日日内缴入国库，并向税务机关报送纳税申报表。”
二、个人所得税计算标准
1、每月取得工资收入后，先减去个人承担的基本养老保险金、医疗保险金、失业保险金，以及按省级政府规定标准缴纳的住房公积金，再减去费用扣除额3500元/月(来源于境外的所得以及外籍人员、华侨和香港、澳门、台湾同胞在中国境内的所得每月还可附加减除费用3200元)，为应纳税所得额，按3%至45%的九级超额累进税率计算缴纳个人所得税。
2、计算公式：
应纳个人所得税税额=应纳税所得额 * 适用税率 - 速算扣除数
应纳税额=工资薪金收入-3500-“三险一金”
以3500元作为起征点取代过去2000元的新《个人所得税法》已施行。
来自国家税务总局的扣除标准实施细则表明，除13500元之外，税前扣除的项目还包括三大类。
1、国家规定的三险一金，即养老保险、医疗保险、失业保险和住房公积金;
2、单位给予的5种补助费用，即个人取得的独生子女补贴、托儿补助费，市内交通费、书报费和洗理费;
3、退休职工的工资和两院院士津贴等特殊津贴。
其中的书报费和洗理费等几种补贴，一定要在北京市财政规定的费用标准之内才能免税，如果单位超额发放、超出的部分一样要缴纳个人所得税。
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