为了惩治恐怖主义、极端主义犯罪，完善反恐刑事法治，《刑法修正案（九）》从两个方面完善了相关立法：
  第一，修改了已有的四种犯罪。其中，《刑法修正案（九）》第5条修改了刑法典第120条，对组织、领导、参加恐怖组织罪增加规定了财产刑，第6条、第38条和第40条修改补充了三种相关罪名的罪状或罪刑规范，包括：
  修改补充刑法典第120条之一的资助恐怖活动罪，增加规定资助恐怖活动培训行为为犯罪，该条罪名也相应更改为“帮助恐怖活动罪”；修改刑法典第311条的拒不提供间谍犯罪证据罪，将拒绝提供恐怖主义、极端主义犯罪证据行为纳入该条增补为犯罪；修改刑法典第322条的偷越国（边）境罪，增加规定“为参加恐怖活动组织、接受恐怖活动培训或者实施恐怖活动，偷越国（边）境的，处一年以上三年以下有期徒刑，并处罚金”。
  第二，新增了6种新的恐怖主义、极端主义罪行，后5种新罪行被界定为5种新罪。这主要体现于《刑法修正案（九）》第7条的规定，具体增设的罪行包括招募、运送恐怖活动人员的犯罪，其罪名仍为刑法典第120条之一的“帮助恐怖活动罪”；准备实施恐怖活动罪；宣扬恐怖主义、极端主义、煽动实施恐怖活动罪；利用极端主义破坏法律实施罪；强制穿戴宣扬恐怖主义、极端主义服饰、标志罪；以及非法持有宣扬恐怖主义、极端主义物品罪。