在善意取得制度适用的情况下，无权处分合同应该是有效合同。原因有以下几点：

首先，物权法调整的是因财产的归属和利用而产生的民事关系。虽然它对物的归属关系的调整侧重于结果层面，但在我国债权形式主义的物权变动模式下，交易结果与交易原因密切联系。肯定交易结果，通常就要相应地肯定交易的原因。这也是维护法律前后逻辑一致的需要。

其次，如果不赋予善意相对人主张合同责任的权利，那么即使他获得了物权，也难以保障其完整性。合同权利中的一项重要权能，即请求保护债权的权利。一旦无权处分人不适当履行债务，比如加害履行等，如果不承认合同的效力，则受害的当事人只能依据侵权法要求赔偿，这在举证责任、赔偿范围等方面都可能不利于对相对人的保护，也就使善意取得制度保护善意相对人的功效大为缩减。

再次，否定合同效力有可能减轻无权处分人的责任。善意相对人取得了物权并支付对价给处分人，此时在处分人一方发生侵权责任、违约责任或者不当得利返还责任的竞合，具体应负何种责任应由权利人选择或者依他们间的关系来决定。但在处分人和受让人之间，由于善意受让人几乎没有损失，他只能在是否接受履行之间作出选择，而不能通过拒绝接受标的物进而寻求合同上的保护，这实际上就是通过肯定物权变动结果放任了处分人在处分权上的欺诈行为。