《软件企业认定标准及管理办法(试行)》对软件企业的认定要件及流程进行了明确规定，以下予以简要介绍。
1、认定管理机构
各省、自治区、直辖市信息产业主管部门负责管理本行政区域内的软件企业认定工作。经省、自治区、直辖市信息产业主管部门审查推荐，信息产业部授权的软件行业协会或相关协会为软件企业认定机构。软件企业认定机构应符合下列条件：
   （1）经民政部门注册登记的地（市）级以上软件行业协会或相关协会；
   （2）会员以企业为主，其中，软件企业在30家以上；
   （3）有固定的办公场所；
   （4）有不少于5名熟悉软件行业情况的专职工作人员，并可安排专人负责软件企业认定和年审的组织工作。
国家规划布局内的重点软件企业名单由国家计委、信息产业部、外经贸部和国家税务总局共同确定。
符合注册资本在1000万美元以上，且外资股份占50%以上的或年营业收入在3亿元人民币以上的分支机构跨省、自治区、直辖市的企业由中国软件行业协会负责，初选名单报信息产业部审核。
    2.认定管理
对审查合格的软件企业，由认定机构提出初选名单，报同级信息产业主管部门审核。软件企业认定名单由认定机构的同级信息产业主管部门审核并会签税务部门批准公布，并颁发软件企业认定证书，报上级信息产业主管部门备案。
软件企业和集成电路生产企业实行年审制度，年审不合格的企业，取消其软件企业资格，并不再享受有关税收优惠政策。