一、我国侦查终结程序的缺陷 　　我国现行刑事诉讼法第二编第四章第九节专门规定了侦查终结的程序。通过对该法的分析和比较国外与我国刑事诉讼法关于侦查终结程序的立法规定，我们认为，我国侦查终结程序的立法存在几点缺陷：
　　(一)立法上没有明确规定侦查期间
　　我国现行刑事诉讼法只是规定了犯罪嫌疑人的羁押期间,却没有对侦查期间作出规定。侦查机关往往将犯罪嫌疑人的羁押期限等同于侦查期间。不少办案人员认为,只要犯罪嫌疑人未被羁押,案件就没有终结的时限,侦查人员就可以随时采取侦查措施。由于立法上没有明确规定侦查期间，检察院和公安机关对计算羁押期限的解释经常不一致,导致对犯罪嫌疑人的超期羁押现象严重；同时由于刑事诉讼程序尚未终结,当事人希望通过诉讼程序来寻求权利救济的机会也受到很大制约。
　　(二) 立法上没有规定侦查终结条件标准
　　现行刑事诉讼法第129条规定:公安机关侦查终结的案件,应当做到犯罪事实清楚,证据确实充分,并且写出起诉意见书,连同案卷材料、证据一并移送人民检察院审查决定。侦查终结时的证据标准只是侦查机关通过对所收集的证据审查、判断后而确立, 既没有通过公诉机关的检验,也没有在审判阶段经控、辩双方质证由中立的裁判者得出结论。由于侦查人员素质参差不齐,依据主观经验作出的判断导致对案件错判的情况时有发生。同时,对于用完各种侦查手段仍然难以查清事实真相的疑难案件,在侦查阶段却没有通过立法提出解决办法,导致侦查机关超期办案、久拖不决,或者干脆移送审查起诉,由起诉部门酌情作存疑不起诉处理。立法上没有规定侦查终结条件标准，导致如何选择侦查终结都于法不合的尴尬局面。
　　(三) 缺乏对侦查终结的立法制约和救济机制
　　根据我国现有法律规定，批捕权属于人民检察院,公安机关只是执行机关,并不对检察机关的批捕权享有撤消权,但由于缺乏对侦查终结的立法制约，在司法实践中，公安机关却可以在不征得原批准人民检察院的同意下,单独行使案件撤消权,从而变相地否定了原批准逮捕决定。这种做法严重地削弱了检察机关审查批捕权利的权威性 ,构成了对人民检察院独立行使检察权的损害。同时,对于公安机关单方作出的撤消案件的决定,当事人没有被赋予相应的救济机制。由于缺乏有效的救济机制，被害人对错误的撤消案件的追诉要求几乎落空,导致被害人所受的犯罪行为的侵害不能够得到国家公权的有效保护。
　　二、我国侦查终结程序的完善
　　针对我国侦查终结程序的主要立法缺陷，在此提出几点加以完善的措施：
　　（一）设置侦查期间
　　我国立法上没有明确规定侦查期间，我们不妨以我国澳门特别行政区的立法来做参考：澳门刑事诉讼法第二百五十八条规定,如有嫌犯被拘禁,检察官最迟须在6个月内终结侦查,而将之归档或提出控诉;如无嫌犯被拘禁,则检察官最迟在8个月内做出上述行为。对特定犯罪,侦查最长存续期间延长为8个月。同时设置侦查期限时应注意两点：第一，侦查期间的起算点应当自侦查转为特定人时开始起算。原因在于侦查程序进行时嫌疑人情况不一定已经确定,而没有确定嫌疑人的情况会对侦查机关明显不利。第二，在确定侦查结束期间时,应当充分考虑到各种不同情况。如果收集证据的难度较大,应该规定较长的期限；如果收集证据的难度较小,则规定相对较短的期限;还应考虑嫌疑人可能判处的刑罚：可能判处重刑的,规定相对长的期限；可能判处的刑罚较轻的,规定相对较短的期限。
　　（二）完善侦查终结条件
　　我国立法上没有规定侦查终结条件，可以从几方面对侦查终结条件进行完善。第一，应查明案件全部情况，包括案件可能的犯罪时间、犯罪地点、犯罪主体、犯罪对象和犯罪手段等。第二，应收集到能够确定是否存在犯罪嫌疑的证据材料，查明并控制犯罪嫌疑人。第三，应确定是否存在追究刑事责任的可能性。第四，应完备侦查中的各种法律手续。具备上述条件的案件，就可以宣告侦查终结。此外，若经全面侦查，仍难查清案件，缺乏继续侦查取证的实际条件的情况，也是终结侦查的条件。
　　(三)完善侦查终结的监督制约与救济机制
　　我国缺乏对侦查终结的立法制约，而权力不受到有效的制约或者监督就容易导致权力的滥用。因而，需要完善侦查终结的监督制约与救济机制。第一，撤消案件的监督权在我国现阶段的体制下应当由检察机关行使,待条件成熟后则由法院行使。第二，公安机关认为应撤消案件的,应将案卷和证据移送给人民检察院审查批准。同时通知嫌疑人、被害人及其律师可向人民检察院审查起诉部门提出意见,人民检察院可以作出撤消案件决定或指令侦查机关继续侦查的决定。第三，对于作出要求继续侦查决定的,公安机关认为有错误时,可以要求复议；如果意见不被接受,可向上级人民检察院提请复核；嫌疑人如果不服,可以向上级人民检察院申诉,人民检察院经审查,可以将继续侦查决定改为撤消案件决定。第四，对人民检察院作出撤消案件决定,被害人如不服可以向上级人民检察院申诉；如果意见不被接受,可以向法院提起自诉, 被害人也可以不经申诉,直接向人民法院起诉。