从政治经济学的层面来看，我国中小企业信用担保体系目前在结构、经营和功能上存在三重缺陷，结构性缺陷是指政府的财政性担保处于绝对主导地位，民间资本型的商业担保和互助担保所占份额很低。经营性缺陷主要体现在四个方面的缺乏，即资金补偿机制、风险分散机制、担保品种和担保人才。功能性缺陷与结构性和经营性缺陷有着密切关系，结构性缺陷形成了宏观意义上的功能性缺陷，经营性缺陷则构成了微观意义上的功能性缺陷。结构性缺陷是立足于宏观层面上的考察，经营性缺陷则是基于微观层面的考察，而功能性缺陷既包括宏观层面上的考察，也包括微观层面上的考察。
    一、结构性缺陷

中小企业信用担保体系的结构性缺陷主要表现在：在机构数量和担保贷款金额上，政府担保的份额过高，民间资本型担保（包括互助担保和商业担保）的比重严重不足。截至2002年底，我国建立的担保机构有848家，其中，政策性担保机构高达614家，占72.4％。在2001年100亿元左右的总担保金额中，政府担保资金为66亿元，由此可以判断出政府担保贷款在中小企业贷款总额中所占的比重也是很高的，也说明财政出资的政府担保在整个体系中处于绝对主导地位。中小企业信用担保说到底是一种市场现象，因为它主要是由中小企业的金融困难所引起的，而金融困难的原因主要包括：信息不对称和道德风险，中小企业高比率的倒闭和违约，抵押和担保中的问题，金融业的整合和贷款紧缩，利率和收费规定的影响。在市场经济体制下，政府是作为一个宏观调控者和社会管理者而存在和运转的，它在市场上的职能和能力在于监管市场，制定市场规则和维护市场秩序。显然，政府并不具有立宪依据和能力解决市场问题。而且，中小企业贷款缺口作为一种市场现象，市场本身有机制、激励和能力来解决，即民间资本在中小企业贷款市场上提供贷款担保。事实上，由于中小企业量多面广，贷款需求具有明显的个性化，新陈代谢速度较快，每年新增的企业户数很多，政府根本不可能在完成宏观调控和社会管理职能之后还有足够的财力在中小企业担保体系中起主导性作用。所以中小企业信用担保体系过分依赖于政府担保，既无必要，也不可能。
    然而，从另一个角度来看，因为解决中小企业的金融困难也需要政府在宏观调控和管理上的努力，中小企业的发展壮大又直接关系到政府的税收、就业、出口和产业结构等宏观经济和社会问题，所以可以说政府有义务和必要用政府信用为中小企业提供贷款担保，帮助解决中小企业信贷缺口，以此扶持和促进他们更快更大的发展。只是问题的焦点在于政府提供政府信用的程度应该有多大。从国际经验来看，在美国、日本和德国等政府出资规模很大的国家，政府担保贷款数额也只占中小企业贷款余额的很小比例，一般不会超过10％。例如：美国中小企业署2000年担保了105亿美元的贷款，却涉及到44000家小企业。因此，可以说在市场经济体制下，政府担保在中小企业担保体系中并不起主导作用。
    二、经营性缺陷
    中小企业信用担保体系的经营性缺陷主要体现在四个方面的缺乏，即资金补偿机制、风险分散机制、担保品种和担保人才。此外，很多通过政策性出资建立的政府担保机构没有实行企业化运作和市场化经营，行政干预仍然突出，一些地方政府根据“谁投资，谁决策”的市场原则认为政府在担保项目上有表决权，所以领导定项目的情况并不少见。也有一些地方领导利用这种政府对中小企业的信用担保进行“设租”或“寻租”，或是把政府对中小企业的信用担保这种长期行为短期化和政治化。
    1.缺乏资金补偿机制。政府担保机构的资金来源以各级地方政府财政资金和资产划入为主，担保费收入为辅。但地方财政资金和资产划入大部分都是一次性的，规模又校政府担保机构不以盈利为主要目标，收取的担保费也很低。由此可见，政府担保机构缺乏资金补偿机制。这也是为什么政府担保机构虽然数量很多，但是银行就是不敢发放太多中小企业担保贷款的主要原因之一。商业性担保机构资本实力也较小，同样缺乏资金补偿机制，大多数商业性担保机构把高担保费作为资金补偿来源，部分担保机构按同期银行贷款利率的一半收取担保费，一些机构的担保费比这更高。而在国际上大多数国家的担保费一般为1%左右，法国为0.6%，我国台湾地区和香港特区仅为0.5%左右。
    2.缺乏风险分散机制。由于缺少明确的制度规范，担保机构又由于实力过于弱小而处于谈判上的弱势地位，所以大多数银行都将中小企业的贷款风险转嫁给了担保机构，有很多担保机构甚至被迫承担了100％的信贷风险。担保风险过分集中于担保机构，没有在担保机构与银行间合理地分散，在国际上，担保机构一般只承担80％的贷款责任。担保机构不仅集中了过多的贷款风险，而且他们极其缺乏风险分散机制。绝大多数担保机构，尤其是商业担保机构都是寻求反担保条款来分散风险，或者是提高担保收费转移风险。而事实上，中小企业的贷款之所以需要专门的担保机构，就在于他们自身信用低，既没有合格的担保品，也很难找到非金融中介的担保人。担保机构过多的反担保要求不仅使得担保机构不能帮助解决中小企业的贷款难问题，而且还使得中小企业向担保机构提出的担保申请变得多余，也彻底违背了设立中小企业担保体系的宗旨。
    3.严重缺乏担保方面的专业人才。近两年担保机构的迅速扩张使得本来就稀缺的担保人才更加短缺。一些地方政府出资的担保机构往往是由不熟悉担保业务的政府官员担任，但是政府担保机构却只有在专家的经营管理下实行市场化和企业化运作才能实现保本或微利经营，达到不以盈利为最终目标的政策性目的。民间资本型担保机构目前业务开展缓慢的原因之一也是在于缺乏专业人才的管理和运作。而且，在专业人才缺乏的同时，由于我国目前还没有担保从业资格准入制度和失信惩戒机制，这也造成了现有从业人员能力和素质都不够。
    4.担保品种贫乏，期限集中于短期。目前我国多数担保贷款的期限都在6个月以内，最长不超过一年；担保品种基本上局限于流动资金，鲜有设备、技术改造之类的长期贷款担保。在国际上，多数国家都是对中小企业的长期银行贷款提供担保，所以担保期限较长，一般都在2年以上，最长的是美国，长达17年。担保品种也很丰富，包括创业贷款，票据贴现，科技开发贷款，设备贷款和技术改造贷款等。例如：在日本山形县信用担保协会提供的担保中，70%的无抵押要求，用于设备资金担保的比例为58%，3到10年以上的担保金额比重高达61%。
    三、功能性缺陷
    信用担保体系的结构性和经营性缺陷最终都会体现在功能性缺陷上，结构性缺陷带来的功能性缺陷集中体现在宏观层面。在过去，国有大中型企业因为可以直接利用国家信用而将银行贷款这种外源性融资演变成了内源性融资，随着我国市场经济体制的建立和发展，我们已逐渐纠正这种错误现象，把国有大中型企业的贷款融资与其资产信用挂钩。如果现在又把政府信用过多地用在中小企业上，相当于是走向另一个极端。与允许国有大企业过度地利用国家信用一样，即政府财政负担加重，政府风险放大，市场管理风险的功能弱化。政府担保的中小企业贷款越多，既意味着政府拨出的财政资金越多，政府负担加重，也意味着政府支出的信用越多，承担的中小企业贷款风险越多。同时，市场本身具有管理和分散风险的卓越功能，中小企业贷款风险本来就是市场现象，政府担保的主导地位表明政府承担了过多本来可由市场管理和分散的风险，市场管理和分散风险的功能被弱化。同时也意味着政府分散了资源，忽视了在市场秩序、环境和基础设施方面的建设。
    经营性制度缺损带来的功能性制度缺损主要体现在微观层面，现存的经营性制度缺陷限制了担保贷款的市场需求，加剧了贷款担保的道德风险和逆向选择，从而影响了现有中小企业信用担保体系的绩效和可持续发展。此外，结构性缺陷也带来了微观上的弊端，过多的政府担保将会诱发中小企业的机会主义行为，增加道德风险，容易使中小企业加强对政府的依赖。尤其是在我国很多企业的约束机制尚未真正形成的时候，这一点更加容易产生。
    此外，政府担保机构在整个体系中居支配地位严重影响到信用担保体系功能的发挥，降低了该体系的效率水平。2002年末，我国担保机构可运用的担保资金总额为242亿元，全年累计担保金额598.2亿元，仅为可运用担保资金总额的2.5倍，大大低于国际上普遍放大10倍的水平，没有起到应有的放大作用。中小企业信用担保体系功能的正常发挥和效率的提高在很大程度上有待于民间资本型担保机构的崛起，尤其是随着我国经济市场化程度的提高，商业性担保机构的优势将不断凸现。