农村房屋合修的问题 市政工程，政府回收了本社所有人土地。并统一安置于一处，给于地基（门市形式），然后统一修建六楼以上房屋。。。我家有2个门市，由于资金问题和一个人合修房屋，经商量；修好后我家给对方一个门市为条件，我家得3套房子和一个门市，所有资金由对放出。并有一份协议。双方签字。但后来补签了一份协议后，三套房子变成了2套（由于是母亲去签的后来一份，没有详细看）。现在产生了纠纷，对方狡辩了。请问他们要我们地基上的房子，必须要我们户主去办手续才有效吗？母亲不是户主，父亲才是，母亲签的字有效吗？我们该怎么办？