你与对方公司只是某一项目的合作的话，并没有其他关系，对于这个项目以外的，另外一家公司的任何债务，你都不承担责任的。但是因这个项目引发的债务，你可能会承担连带责任。
如果对方财物有问题，当然会影响你们的合作，间接的影响。
建议你通过在合同中进行一些约定，并才却一些其他措施，在合作中保护自己的财产，能过让你投入的财产确实的专款专用，不被公司挪用。这都可以实现。建议找律师帮你做这些工作。

项目合作最好建立专门的合作组织，并指定专人负责。项目合作的财务问题最好独立，由双方确定的专人负责。