你好，对仲裁裁决不服应当是向人民法院起诉，而不是上诉。另外一旦提起诉讼，仲裁裁决自然失效，不过得看你们的起诉是否符合下列之规定：《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第四十七条 下列劳动争议，除本法另有规定的外，仲裁裁决为终局裁决，裁决书自作出之日起发生法律效力：
　　(一)追索劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金，不超过当地月最低工资标准十二个月金额的争议；
　　(二)因执行国家的劳动标准在工作时间、休息休假、社会保险等方面发生的争议。

第一，你所说的其后的另一份提成方案，对方是否知晓，是否培训过他，他是否签字？
第二，第二份提成方案里是否已说明第一份提成方案已经废止？
如果2项同时都做了对方也认可签字了，那你公司一定会赢的，如果2项有一项没做到，那你上诉也会败诉的！

最好委托专业律师代理。