店铺转让纠纷 之前甲方租赁一店铺经营，租赁期限为三年，到期甲方有优先续约权。后来在与房东签订的合同到期前一年半时间的时候因为家中有事将店铺转给乙方。甲方当时租赁这个店铺时就付了四万的转让费，装修花了九千。
所以在将店铺转与乙方时收取了四万五的转让费。因为甲乙双方属于熟人，而且鉴于当时周围店铺租金上涨幅度较大，房东明确告知了如果甲方要转租的话，新来租客的租金会大幅上涨。所以甲乙双方协商，为了避免房租上涨，双方口头约定告知房东本店铺为甲乙双方共同经营，现在甲方有事需撤资由乙方承接继续经营。而本店铺本身也确实是甲方与丙方共同经营的，关于这一点，房东也明确知晓的。但房东不认识也没见过丙方，只知道丙方是本地人。乙方与丙方同位本地人。
但由于最初甲方属于最大投资方，所以合同是甲方与房东签订的。后来为避免乙方接手后房东因为不认识乙方而要求额为增加房租，甲方向房东告知了乙方与甲方的合作经营事宜，说明了甲方撤资乙方继续经营的情况。并为乙方签订了一份协议。内容为本店铺本来就是甲乙双方共同经营的，现在甲方撤资，乙方付款与甲方。后续店铺的经营权与其他所有权全权归乙方做主。（签订此协议时，甲方不在本地，由甲方的妻子代为签订）
之后，乙方一直拖欠当初承诺于甲方的钱不付，在乙方接手经营了四个月左右的时间里，甲方找乙方要钱无数次，乙方这个月一万，下个月两万断断续续付了几次。（只有一次银行转账两万多有底单，其他为现金交易）。最终乙方还是按当时口头约定的总金额扣了五千，并让甲方写了一个收条。甲方当时不在本地，于是乙方要求甲方的妻子写了。一年多之后，乙方不想继续经营，房租也要上涨（店铺房租是一年一定，每年都会上涨一些的），现在要求甲方退还当时的转让费并将甲方告上法庭。
甲方只有一个写给乙方的撤资协议（就是上面说的乙方将甲方的钱付清，店铺经营所有权归乙方所有那个协议）和一个收条，其他没有任何相关东西了。乙方手上也是只有一个收条。
请问，这种情况，甲方该付钱给乙方吗？如果乙方告甲方妻子上法庭，该如何应诉？