店铺租赁纠纷 之前甲方租赁一店铺经营，后来在与房东签订的合同到期前一年半时间的时候因为家中有事将店铺转给乙方。甲方当时租赁这个店铺时就付了四万的转让费，装修花了九千。所以在将店铺转与乙方时收取了四万五的转让费。因为甲乙双方属于熟人，而且鉴于当时周围店铺租金上涨幅度较大，房东明确告知了如果甲方要转租的话，新来租客的租金会大幅上涨。所以甲乙双方协商，为了避免房租上涨，双方签订了一份协议。内容为本店铺本来就是甲乙双方共同经营的，现在甲方撤资，乙方付款与甲方。后续店铺的经营权与其他所有权全权归乙方做主。一年多之后，乙方不想继续经营，房租也要上涨（店铺房租是一年一定，每年都会上涨一些的），现在要求甲方退还当时的转让费并将甲方告上法庭。
甲方只有一个写给乙方的撤资协议（就是上面说的乙方将甲方的钱付清，店铺经营所有权归乙方所有那个协议），其他没有任何相关东西了。乙方手上也是只有这个协议。当时店铺甲方签订租赁期限是三年。
请问，这种情况，甲方该付钱给乙方吗？如果乙方告甲方上法庭，该如何应诉？