律师解答：不管，法院会以房屋涉嫌违建，需要行政部门拆除为由驳回起诉。如下面这个案件，虽然之前的宅基地房有宅基地证，但证上写的5层。买家买房后拆除重建九层半，重建行为未报建，则该九层半都涉嫌违建，应拆除，法院不处理。至于该房屋是否会被拆除，实践中就看城管部门的执行力了，有的会拆，有的不会拆。
判决书节选：
   法院认为,本案郭仪兴请求确认《协议书》及《补充协议书》无效,苏志文、苏志伟、苏永存将其占有的位于白云区同德围鹅掌坦大街41号房屋中的两层半房产交还给郭仪兴使用。本案处理讼争房屋的返还,首先需确定讼争房屋是否合法建设,郭仪兴与苏志文、苏志伟、苏永存签订《协议书》合建的房屋已拆除,讼争房屋是将原有的宅基地上所建的房屋拆除后重新建设,重建房屋为九层半,超出原宅基地使用证核准的五层,至今未办报建手续,对此应由行政主管部门进行认定和处理。当事人应就重建房屋是否合法建设的问题先行向行政主管部门申请处理后,再就合建协议的效力、房屋返还、财产损益等问题进行协商或另行诉讼一并解决为宜。在此之前,本案纠纷不宜由法院直接处理。综上所述,依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百四十条第一款第(三)项的规定,裁定如下:驳回郭仪兴的起诉。