一审计算上诉人经济补偿金时扣除加班费不符合法律规定。
根据《劳动合同法实施条例》第二十七条“劳动合同法第四十七条规定的经济补偿的月工资按照劳动者应得工资计算，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。”
上诉人认为计算经济补偿金时应当以上诉人应得工资计算，应包括加班费、餐费、工龄工资等货币性收入。
一审计算经济补偿金标准时扣减了上诉人的加班费属于适用法律错误。
根据规定，经济补偿金应以劳动者的正常工作时间工资为计算基数，加班工资系劳动者提供额外劳动所获得的报酬，不属于正常工作时间内的劳动报酬。
经济补偿金应以劳动者的正常工作时间工资为计算基数，因劳动者在解除劳动合同前经历了请假、休产假、岗位变动协商等阶段，未正常提供劳动，其经济补偿金按照请假前正常提供劳动期间十二个月的平均工资作为计算基数并无不当。
加班工资系劳动者提供额外劳动所获得的报酬，不属于正常工作时间内的劳动报酬，故经济补偿金的计算基数也不包括加班费。


综上，双方关于经济补偿金的上诉请求均不能成立。