环境保护许可证制度，是指从事有害或可能有害环境的活动之前，必须向有关管理机关提出申请，经审查批准，发放许可证，方可按许可证的规定进行该活动的一整套法律制度措施。在环境保护许可证制度中，使用最广泛的是排污许可证。

（一）排污许可证的适用范围

对依法实施重点污染物排放总量控制的水体排放重点水污染物的和对大气污染物总量控制区排放主要大气污染物的实行排污许可证制度。

（二）排污许可证制度的实施程序

排污许可证制度的实施程序如下：

1．排污申报登记。排污单位向环境保护主管部门如实申报排放污染物的种类、数量、浓度、排放的方式和排放去向。

2．分配排污量。各地区确定本地区污染物排放总量控制指标和分配污染物总量削减指标。

3．发放许可证。对不超过排污总量控制指标的排污单位，颁发《排放许可证》；对超出排污总量控制指标的排污单位，颁发《临时排放许可证》，并限期削减排放量。

4．发证后的监督管理。许可证发放以后，发证单位必须对持证单位进行严格的监督管理，使持证单位按许可证的要求排放污染物。