婚姻登记程序有瑕疵就一定会被撤销吗？当然不是，不能以婚姻登记程序的瑕疵来撤销婚姻登记进而否定婚姻的效力。虽然婚姻登记程序不合法，但只要符合实质要件并经正式登记，就应当认可并保护该婚姻关系。行政确认程序存在瑕疵，可以首先确认其违法，以督促婚姻登记机关在日后的工作中尽职尽责、严格执法;其次在确有必要或客观条件允许的情况下，要求其补正或者重新确认，以保护当事人婚姻关系的稳定性及其合法权益.目前可以通过对《最高人民法院关于执行<中华人民共和国行政诉讼法>若干问题的解释》第57条第2款的文意解释来确认违法。根据该条规定，由人民法院确认违法可以作为行政程序违法的一种责任形式。
具体来说，这种责任形式适用于下列程序违法情形：(1)行政主体逾期不履行法定职责，责令其履行法定职责已无实际意义;(2)行政主体逾期履行法定职责，该逾期行为并未给相对人的合法权益造成侵害或不利影响;(3)行政行为程序违法但不具有可撤销内容。所谓“不具有可撤销内容”，既包括管理中的事实行为，又包括一些形式欠缺的具体行政行为.程序瑕疵的婚姻登记行为具有不可撤销的性质，应由人民法院确认违法。
从现行《婚姻法》的立法精神看，对程序瑕疵的结婚登记予以补正或重新确认，是具合法性的。我国《婚姻法》第8条规定：“要求结婚的男女双方必须亲自到婚姻登记机关进行结婚登记。符合本法规定的，予以登记，发给结婚证。取得结婚证，即确立夫妻关系。未办理结婚登记的，应当补办登记。”最高人民法院“《婚姻法》司法解释(一)”第4条进一步解释：“男女双方根据婚姻法第八条规定补办结婚登记的，婚姻关系的效力从双方均符合婚姻法所规定的结婚的实质要件时起算。”笔者认为，对符合结婚实质要件但程序瑕疵的结婚登记，进行补正或重新确认是可行的。
从长远来看，应该通过完善行政程序立法来解决结婚登记程序瑕疵案件的处理。我国目前关于行政程序的立法很不完善，不能根据不同行政行为的价值和作用做到具体问题具体分析，也缺乏更加细化、可操作的处理准则。笔者认为，违反婚姻登记程序，应该做出行政行为违法的判决，因为婚姻登记程序的规定不仅是为了保障相对人的婚姻关系在行政机关的监督下得到正确的确认，更重要的是为行政机关的工作人员依法行政提供标准，是对行政机关行为的规范和制约。婚姻登记程序规范的重点在于对行政机关的限制，婚姻登记程序瑕疵的后果也应该主要针对婚姻登记机关。为了维护程序立法的尊严和意义，为了更好地规范和约束婚姻登记机关的行为，应该给予婚姻登记中违反程序的行为以法律上的否定评价。笔者认为，确认违法是一个好的立法选择，可以通过完善行政诉讼法的规定，拓宽确认行政程序违法的适用范围，对诸如婚姻登记等不适宜撤销的行政行为的程序瑕疵案件，做出确认违法的判决。