本罪与一般安全事故的界限
两者都实施了违反国家规定，降低工程质量标准的行为，区分两者的关键就在于是否造成了重大安全事故。设计单位、施工单位、工程监理单位违反国家规定，降低工程质量标准，造成了重大安全事故的，则构成工程重大安全事故罪；如果上述单位虽然违反了国家规定，降低工程质量标准，造成重大安全事故的，则不构成犯罪处理，或对直接责任人员予以行政处罚，或按有关建筑合同，承担相应的法律责任。
工程重大安全事故罪与重大责任事故罪的界限
两者都是过失犯罪，都以法定的严重后果作为构成犯罪的必备条件，但两者具有明显区别。
（1）犯罪主体不同。工程重大安全事故罪的犯罪主体是建设单位、设计单位、施工单位、工程监理单位，属于单位犯罪；重大责任事故罪的主体是工厂、矿山、林场、建筑企业或者其他企业、事业单位的职工，属于自然人犯罪。
（2）客观方面的表现不同。工程重大安全事故罪在客观方面表现为违反国家规定，降低工程质量标准，造成重大安全事故的行为；重大责任事故罪则表现为不服从管理、违反规章制度或者强令工人违章冒险作业，因而发生重大伤亡事故或者造成其他严重后果的行为。