根据《商标法》的规定，对侵犯注册商标专用权的案件，首先由当事人协商解决；当事人不愿协商或协商不成的，可以有两种处理方式：一由商标注册人或利害关系人请求工商行政管理部门处理。二由商标注册人或利害关系人向法院起诉。 1、工商行政管理部门对侵犯注册商标专用权案件的处理。
县级以上工商行政管理部门对涉嫌侵犯他人注册商标专用权的行为进行查处时，可以行使下列职权：
（1）询问有关当事人，调查与侵犯他人注册商标专用权有关的情况；
（2）查询、复制当事人与侵权活动有关的合同、发票、帐簿以及其他有关资料；
（3）对当事人涉嫌从事侵犯他人注册商标专用权活动的场所实施现场检查；
（4）检查与侵权活动有关的物品，对有证据证明是侵犯他人注册商标专用权的物品，可以查封或扣押。
工商行政管理部门在处理侵犯注册商标专用权案件时，认定侵权行为成立的，责令立即停止侵权行为，没收、销毁侵权商品和专门用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具。并可以处以罚款。
当事人对处理决定不服的，可以自收到处理通知之日起15日内向人民法院起诉。侵权人期满不起诉又不履行的，工商行政管理部门可以申请人民法院强制执行。
2、人民法院对侵犯注册商标专用权案件的处理。
侵犯注册商标专用权的诉讼时效为2年，自商标注册人或者利害关系人知道或应当知道侵权行为之日起计算。商标注册人或利害关系人超过2年起诉的，如果侵权行为在起诉时仍在持续，在该注册商标专用权有效期限内，法院应当判决被告停止侵权行为，侵权损害赔偿数额应当自权利人向人民法院起诉之日起向前推算两年计算。
A、商标注册人或利害关系人有证据证明他人正在实施或即将实施侵犯其注册商标专用权的行为，如不及时制止，将会使其合法权益受到难以弥补的损害的，可以在起诉前向法院申请采取责令停止有关行为和财产保全的措施。
B、为制止侵权行为，在证据可能灭失或以后难以取得的情况下，商标注册人或利害关系人可以在起诉前向法院申请保全证据。法院接受申请后，必须在48小时内做出裁定；裁定采取保全措施的，应当立即开始执行。法院可以责令申请人提供担保，申请人不提供担保的，驳回申请。
申请人在人民法院采取保全措施后15日内不起诉的，法院应当解除保全措施。