政府注销、撤销或收回承包经营权证不等于承包方丧失土地承包经营权。
从法律的角度讲，《承包经营权证书》的发放只是对已经存在的土地承包经营权的一种确认，这种确认不是创设（或设立）土地承包经营权物权，而是对根据承包经营权合同已经存在的土地承包经营权的一种确认。而这种确认、发证产生的法律后果，是具有了对抗第三人的法律效果。也就是说，承包方土地承包经营权的权源不是承包经营权证，而是与发包方确立的农村土地承包经营权合同关系。
实践中，有些地方政府违法撤销、注销或收回承包经营权证，导致产生土地承包经营权纠纷。是否可以认为，因注销行为不仅丧失了根据承包经营权证公示的对抗第三人的权利，而且还丧失了其他权利，包括其与发包方确立的承包经营权合同关系所享有的债权权利，以及由此而产生的物权意义上的承包经营权？答案是否定的。由于物权与债权是两个不同的权利体现，承包经营权证书作为一种公示的物权凭证，从理论上来说，它的发放与否对承包经营权人而言，只是在原债权的基础上获得了对抗第三人的法律效力。因此，对被注销了承包经营权证书的承包者来说，虽然他的承包经营权已经没有了对抗第三人的法律效果，但他与发包方之间确立的农村集体土地承包经营权合同关系没有被解除、撤销，依然存在。因此，当事人根据承包经营权合同享有的债权仍然存在，因而当这种债权受到侵犯时，承包人不但可通过债法得到救济，向人民法院提起诉讼请求给予保护；而且土地承包者依据承包经营权合同所享有的土地承包经营权这种物权仍然存在，享有物权请求权。其法律依据为《农村土地承包法》第22条：“承包合同自成立之日起生效。承包方自承包合同生效时取得土地承包经营权。”以及第53条：“任何组织和个人侵害承包方的土地承包经营权的，应当承担民事责任。”