一、农村土地承包纠纷的处理程序
2003年3月1日施行的我国农村土地承包法第五十一条规定：“因土地承包经营发生纠纷的，双方当事人可以协商解决，也可以请求村民委员会、乡（镇）人民政府等调解解决。当事人不愿协商、调解或者协商、调解不成的，可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，也可以直接向人民法院起诉。”第五十二条规定：“当事人对农村土地承包仲裁机构的仲裁裁决不服的，可以在收到裁决书之日起三十日内向人民法院起诉。逾期不起诉的，裁决书即发生法律效力。”
从以上两条规定看，土地承包法对因土地承包经营发生的纠纷没有设定行政处理程序，该法规定的协商、调解、仲裁、起诉的程序，其中“起诉”是指民事诉讼，排除了行政诉讼的可能。
二、农村土地承包行政争议案件的受理和审理
虽然农村土地承包法对土地承包经营纠纷没有设定行政处理程序，但2005年7月《最高人民法院关于审理涉及农村土地承包纠纷案件适用法律问题的解释》（下称“解释”）第一条第二款规定：“集体经济组织成员因未实际取得土地承包经营权提起民事诉讼的，人民法院应当告知其向有关行政主管部门申请解决。”该规定为特殊情况下涉及农村土地承包纠纷设置了一个行政处理程序。据不完全了解，就目前情况而言，该规定的情形是因农村土地承包发生争议比较多的一种。依此规定，集体经济组织成员因未实际取得土地承包经营权而申请有关行政主管部门解决，有关行政主管部门未予解决或对解决结果不服向法院起诉的，法院就应当作为行政案件受理和审理。
农村土地承包法第二十三条规定：“县级以上人民政府应当向承包方颁发土地承包经营权证或者林权证等证书，并登记造册，确认土地承包经营权。”为落实该条规定，农业部于2003年11月颁布了《农村土地承包经营权证管理办法》，对土地承包经营权证的申请、初审、审核、登记、发放等程序和权限都作了明确具体的规定，因此，土地承包当事人对相关地方人民政府关于土地承包经营权证的审查、登记、发放、收回、注销等行政行为有异议向法院起诉的，法院应按行政案件受理和审理。
农村土地承包法施行以后，行政机关仍运用行政职权裁决处理土地承包经营纠纷而当事人向法院提起行政诉讼的，法院应以行政机关超越职权为由判决撤销其所作出的行政行为；当事人因土地承包经营纠纷申请行政机关裁决，行政机关不予受理或者未作出行政裁决的（最高人民法院司法解释规定的情形除外），当事人向法院起诉行政机关不作为的，法院应以当事人的诉讼请求不成立为由判决驳回其诉讼请求。
三、土地承包纠纷和土地权属争议的区别
农村土地承包纠纷是指土地承包方与发包方之间在履行承包合同、承包经营权流转或继承以及侵犯承包经营权等方面发生的民事纠纷。农村土地承包法施行以后，处理土地承包经营纠纷已有了一套独立的法定程序，土地承包经营法律关系已成为脱离其他土地法律关系的一种新的民事法律关系。土地权属争议是指单位与单位之间、个人与个人之间或者单位与个人之间，因土地所有权或者使用权的归属不清，各自都没有合法有效的权属证照凭证，而又主张土地权属所引发的争议。依据我国土地管理法的规定，土地权属争议的处理程序是：首先由当事人协商解决；协商不成的，申请人民政府处理；对人民政府的处理决定不服的，可依法向法院提起行政诉讼。
从土地承包法和土地管理法的相关规定看，土地承包纠纷和土地权属争议的主要区别在于：一是土地承包纠纷绝大多数为民事纠纷，体现的是民事法律关系特征，而土地权属争议大部分属于行政争议，更多地表现为行政法律关系；二是处理和审理土地承包纠纷案件要依照农村土地承包法规定的程序和民事诉讼法规定的程序进行，而处理和审理土地权属争议案件，则应依照土地管理法和行政诉讼法规定的程序进行；三是农村土地承包法对处理土地承包纠纷没有规定行政处理程序，而土地管理法对处理土地权属争议则明确设置了行政处理程序；四是按照“解释”第一条第二款的规定，即集体经济组织成员因未实际取得土地承包经营权的应当向有关行政主管部门申请解决，此种情形可能引发行政争议和行政诉讼，但该司法解释对此种争议未规定行政复议程序，而对土地权属争议案件，行政复议法和最高人民法院的相关司法解释则明确规定了行政复议的前置程序。
从以上分析可看出，土地承包经营纠纷不属于土地权属争议，处理和审理土地承包经营纠纷案件要适用农村土地承包法及其司法解释等法律规范，而处理和审理土地权属争议案件则要适用土地管理法、行政复议法及其司法解释等法律规范。因此，审判工作中应对两者加以严格区分，以便依法作出正确的裁判。
