二、禽畜粪堆肥场完成各项设施之设置后，由中央农业主管机关核发禽畜粪堆肥场营运许可证始得营运，并依“肥料管理法施行细则”第三条之规定据以申办肥料登记证。
三、本要点所称禽畜粪堆肥场（以下简称堆肥场）系指使用禽畜粪及其它农业废弃物等为主原料，从事堆肥商品制造、加工及批发之场所，依经营型态分为下列二类：
（一）畜牧场附设堆肥场：指畜牧场设置之堆肥场，仅处理自家畜牧场产出之禽畜粪废弃物者。
（二）堆肥代处理场：指农民、农会或合作社场等所设置之堆肥场，接受畜牧场或饲养户委托处理禽畜粪废弃物者。
四、堆肥场之营运，由申请人检具下列书件一式二份，向所在地之直辖市或县市主管机关（以下简称地方主管机关）申请营运许可：
（一）畜牧场附设堆肥场：
1.申请书。（如附件一）
2.畜牧场登记证书影本：该证书主要畜牧设施栏须登载有堆肥舍。
3.堆肥场各项设施配置图：应依比例尺自行区分原料处理、堆肥酦酵及成品处理等设施。
4.堆肥酦酵设施图：着色标示堆肥酦酵设施，并计算有效容积及每月可处理量。
（二）堆肥代处理场：
1.申请书。（如附件一）
2.农民团体营业登记证明文件影本或公司行号商业登记证明文件影本；但依法免申请商业登记者，免附。
3.土地核准作堆肥场使用文件及建筑使用执照影本。
4.堆肥场各项设施配置图：应依比例尺自行区分原料处理、堆肥酦酵、成品处理、污染防治及卫生消毒等设施面积。
5.堆肥酦酵设施图：着色标示堆肥酦酵设施，并计算有效容积及每月可处理量。
6.原料提供者名册及委托清除再利用或再利用契约书。契约有效期限至少一年。
7.营运管理计画书：应含再利用事业废弃物种类、数量、清运及再利用方式，产品销售方式，并附自有或委托清运车籍资料，委托者加附合约书。
8.污染防治监测计画书：应含运转后定期委托监测周界主要臭味浓度计画或合约。
9.个案再利用许可文件影本：无个案再利用许可者免附。
五、堆肥场营运许可证审查核发程序如下：
（一）地方主管机关受理申请后，应进行查核申请书件是否齐全及现场查证，不齐全者应通知业者于一个月内补正；申请内容不符合规定者，应叙明理由退还申请人。
（二）地方主管机关审查符合后，报中央农业主管机关审查核发堆肥场营运许可证。
（三）中央农业主管机关办理审查时，如认有现场查证必要，应会同有关机关及学者专家现场勘查，作成现场勘查审查纪录表（如附件二）。
六、堆肥场营运许可证登载事项如下：
（一）经营主体名称、堆肥场名称、负责人及场址。
（二）场房、堆肥酦酵设施面积及每月最大处理量。
（三）主要堆肥原料名称及数量。
（四）清运车牌号码、再利用制成产品。
（五）许可期限及核发日期。
（六）其它必要登载事项。
七、堆肥场营运许可证登载事项变更时，办理程序如下：
（一）由业者于事实发生日起一个月内，检具营运许可证正本及登载事项变更相关文件，向地方主管机关申请变更。
（二）地方主管机关查证后，将营运许可证正本及登载事项变更相关文件，核转中央农业主管机关办理营运许可证登载事项变更。
业者依据“农业事业废弃物再利用管理办法”取得个案再利用许可者，应同时检具再利用许可文件影本、委托清除再利用或再利用契约书及营运管理计画书，依前项程序办理登载事项变更。
八、畜牧场附设堆肥场接受其它畜牧场或饲养户委托处理禽畜粪废弃物，应申请变更为堆肥代处理场，并应重行申请营运许可证。
九、堆肥场应记录事业废弃物再利用日期、种类、名称、数量及堆肥产量、销售量、库存量等资料，备供主管机关查核，并保存纪录资料三年。
十、堆肥场营运许可证之许可期限最长为五年，届满前得办理许可期限展延，其程序如下：
（一）由业者于许可期限届满前六个月，检具申请书（如附件一）向地方主管机关申请办理许可期限展延。
（二）地方主管机关应现场查证营运情形后，将申请书件，报中央农业主管机关办理堆肥场营运许可证展延。
（三）中央农业主管机关办理营运许可证展延，如认有现场查证必要时，应会同有关机关现场勘查。
（四）营运许可证每次展延期限最长为五年。
（五）逾期提出申请，应重行依营运许可证核发程序办理。
十一、主管机关办理堆肥场现场勘查应行查证及注意事项：
（一）各项堆肥处理设施是否依核准计画设置使用。
（二）主要堆肥处理设施是否均于室内操作使用。
（三）各项堆肥处理设施是否可正常操作使用。
（四）污染防治设施是否正常操作使用。
（五）各项回收再利用资材种类、数量是否记录或申报。
十二、堆肥场有下列情事之一者，由地方主管机关报请中央农业主管机关废止其营运许可证：
（一）应申报或记录资料内容与事实不符，有故意违失者。
（二）未依营运许可证登载事项及计画书内容进行再利用者。
（三）营运许可证登载事项变更未依规定期限办理，经该主管机关限期改善而未改善者。
（四）不接受地方主管机关或中央农业主管机关之勘查，或无故不接受中央农业主管机关办理之年度产品抽检者。
（五）违反其它法令，经该主管机关认定情节重大者。
十三、中央农业主管机关为辅导堆肥场营运及奖励堆肥场对农业废弃资源再生利用，得办理堆肥场年度评鉴工作。
十四、本要点自发布日施行。
