开发商拍得土地二十亩，开发实占三十亩，从平整场地到现在，已过两个月，六幢楼的基础及一层已建完，国土局

开发商拍得土地二十亩，开发实占三十亩，从平整场地到现在，已过两个月，六幢楼的基础及一层已建完，国土局至今虽声称立案，但没任何实质行动。上级规划部门明查暗访，查出违章建筑，并反馈给当地住建部门，住建局为应对上级部门作出停工通知并做出处罚，期间该工程未停工也未整改，住建局处罚后进而给办了规划许可证，说我们只给办理合法部分。住建及国土局是否违法。麻烦你您解释下，谢谢