扣除未完成的服务期培训费用。

如果是公司出资提供的专项培训，约定服务期是合法的，但违约金应逐年递减且不能超过培训费用。

行业上岗证的培训如果不是法律上的专项培训的话，如此做法不合法
如有进一步的法律需求可以来电来访本律师

劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。

无论违约金是否合法，都不能直接从工资中扣除，否则构成非法拖欠工资。
具体可来电咨询。