应该及时将款项入账。

按公司账目规定处理。

关键看你们之间的约定，以及你的工资是否是由公司支付。

你有无其他证据证明“我和这家台湾老板在2010年5月份有口头协议我在武汉接单我有40%的营业额”。如果可以证明不必担心。

需要明确的是，1.你在武汉的公司是具有法人资格的企业，还是该台资企业的分公司。或着就在武汉设的未经法定登记，私下的办事点。2.你签订合同未经法定代表人授权，或超出其授权签订的合是不合法的或者部分不合法的。3.你与台湾老板的口头协议，如没有能够相应的证据证明，就不会成立。

需要明确的是，1.你在武汉的公司是具有法人资格的企业，还是该台资企业的分公司。或着就在武汉设的未经法定登记，私下的办事点。2.你签订合同未经法定代表人授权，或超出其授权签订的合是不合法的或者部分不合法的。3.你与台湾老板的口头协议，如没有能够相应的证据证明，就不会成立。