劳动公司没有履行合同约定，应当退还。协商不成，只能起诉解决。

根据协议书确定。

你好：
    从你讲述的情形看，需要看协议的具体约定。如果双方合同中明确包含体检费，则体检费的上涨应属于劳务公司能够预见到并应自行承担的商业风险，不应由合同相对方承担。
    当然，也要考虑到双方协商协议时明知体检费在39元，也即意味着对于劳务公司的利润等有合理预期，目前体检费用较高双方可合理分担，建议可协商处理，协商不成可诉讼要求返还所交费用。

如果双方有约定，应当按照约定处理。
可以追究劳务公司的责任。