法院应当驳回李某的起诉。按照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百一十九条的规定，起诉必须符合下列条件：（一）原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；（二）有明确的被告；（三）有具体的诉讼请求和事实、理由；（四）属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织。甲并未与单位发生事实意义上的劳动关系，未曾与之签订劳动合同，而李某是否与用人不符合民事诉讼法关于原告主体资格的规定，因此法院应该驳回甲的起诉。