你好！公司做法是违法的，可以申请劳动仲裁，要求补发扣除的部分。

你好，怀孕期间公司无权终止劳动合同，公司也无权无故扣提成，可找劳动仲裁委员会申请劳动仲裁。建议来电咨询。