你公司延长经营期限的决议有效。《公司法》第一百八十条规定，公司因下列原因解散，其中该条第（一）规定，公司章程规定的营业期限届满或者公司章程规定的其他解散事由出现。该法第一百八十一条规定，公司有本法第一百八十条第（一）项情形的，可以通过修改公司章程而存续。该条第二款规定，依照前款规定修改公司章程，有限责任公司须经持有三分之二以上表决权的股东通过，股份有限公司须经出席股东大会会议的股东所持表决权的三分之二以上通过。根据该法表明，公司章程规定的营业期限届满或者公司章程规定的其他解散事由出现，并不意味着公司必然解散，公司可以通过修改公司章程而存续。例如你公司经营期限虽然已经届满，但可以通过修改公司经营期限的方式，来延长经营期限，从而达到公司继续存续经营的目的。而由于原来你公司章程第二十三条规定“公司可以修改章程协议，必须经百分之六十以上的股东表决通过”和该章程第四十九条规定“公司各股东一致同意延长经营期限时，应由股东会在经营届满前6个月作出决议，向公司登记机关申请表更登记”并非全部属于有效决议。即原来公司章规定“必须经百分之六十以上的股东表决通过”和“公司各股东一致同意延长经营期限时”作为公司延长经营期限的前提条件，明显与“有限公司须经持有三分之二表决权的股东通过，股份有限公司须经出席股东大会会议的股东所持表决权的三分之二以上通过”相冲突，且前两项通过决议程序属于法律的强制性规定，不允许公司章作出相反的决议，否则该决议无效。而你公司（有限责任公司）虽然没有按照原来章程规定的部分无效决议来作为延长经营期限的依据，但经股东大会已经持有三分之二以上表决权的股东通过了延长经营期限的决议，且在工商部门办理了变更登记的行为，视为重新修改公司章程而存续，且该修改公司章程的行为符合前述法律规定，据此该决议有效。而无效的公司章程协议自始无效，既然无效，则公司小股东虽然反对公司延长经营期限的决议，但其意图依据原来无效的公司章程协议来作为撤销公司延长经营期限的决议，没有任何事实依据和法律依据，据此人民法院应当依法驳回该小股东的申请。