和公司联系，要求更换合同，否则你可以要求其赔偿你的损失。

协商不成，可起诉公司要求配合办理营业执照。

既然是商铺，房子相关权利人就有义务协助你办理营业执照。
你可起诉要求对方配合你办理营业执照，并就因此产生的损失要求赔偿。

你的合同仍然有效。如何办理营业执照，与工商局联系。