协议有效            

   从你所反映的情况看，主合同与补充协议全是有效的文书，一般情况下如果两份文书相互冲突的，后文书的效力优于前文书的效力，但如果后文书中约定前文书效力优于后文书的，就以约定为准。
   合同部分条款无效，不影响合同其他条款的效力。前后两个合也是，一个合同无效并为代表另一个合同也无效。

以公章为准。除非公章公司不具适格主体。
补充协议无效不影响主合同的效力。

协议有效，但最好重新签订补充协议

  以公章为准。