如果诉讼时比仲裁主张的加班时间多是因为在仲裁阶段没有全部主张或者有遗漏的，则不矛盾。法院不会轻易以不一致为由全部推翻员工主张的加班时间的。

法院应该查清事实真相，然后，作出相关的决定。

要看案件的事实而定。