有约定的按照约定处理，没约定的按照你们在工商部门登记的股份持有额分配

根据三人的约定

有约定的按约定处理，最好三个人协商后，合同明确约定，之后要保持合同约定的份额与工商部门登记的股份持有额一致。
同时公司利润分配要依据财务制度，根据合同约定进行分配。