如果对方主动还款和赔偿，那么你们就没有起诉的必要了。
根据你描述的情况，你公司员工涉嫌职务侵占刑事犯罪，你可以要求追究其刑事责任和民事赔偿责任。
如果员工主动还款并积极赔偿你方因此造成的直接经济损失，那么你们就没有提起民事诉讼的必要了，刑事责任方面检察院会起诉要求追究的，你们直接作为被害人参与诉讼即可。
如果员工不还款不赔偿，那么你们可以提起刑事附带民事诉讼，要求其赔偿即可。

建议协商解决,协商不成可以起诉,也可以委托律师代为诉讼。
起诉需要到被告所在地法院，通常是户籍地或经常居住地（居住一年以上）法院。
当然，具体情况和最终处理方式，还需要根据案件详情和证据情况等来确定。如果你有需要可以拨打我的电话，为你进行免费咨询，以便根据本案细节做出更准确的解答。