按规定在工作时间和工作场所内，有以下情形的会被认定为工伤：
1、员工因工作原因受到事故伤害;
2、员工从事与工作有关的预备性或者收尾性工作受到事故伤害;
3、员工因履行工作职责受到暴力等意外伤害。
所以，员工打架遭到伤害，属于意外伤害，但不能直接确定可以认定工伤，需要再判断员工是否因为履行工作职责遭到暴力。
因此，根据引起争议的原因可以按以下处理：
1、如果打架的员工是为履行工作职责，比如双方要同时使用一台工作机器，双方无法协商先后顺序引起争执。
因为双方是为完成工作任务打架，属于工作原因，所以可以认定工伤。并且，认定工伤时要在以下的时间内提出申请：
(1)从员工受伤事故发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，公司去申请工伤。
(2)工伤员工或者其亲属、工会组织在事故发生之日，或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内申请工伤。
2、如果打架的员工并非为履行工作职责，比如双方因为私人恩怨动手，则难以认定工伤。